Le partenariat consiste à travailler ensemble à un même objectif tout en exerçant des fonctions différentes avec des compétences complémentaires.
Pour assumer sa responsabilité de formation, l'epss-cergy estime nécessaire de développer des relations de partenariat avec des institutions sociales et médico-sociales employant des travailleurs sociaux ou ayant des compétences complémentaires des siennes au regard des objectifs poursuivis.

Certains de ces partenariats sont formalisés par des conventions :
- avec le Conseil Général du Val d'Oise (formation initiale et continue des travailleurs sociaux, site qualifiant « Agir-école »)
- avec l'Ecole Normale Sociale (formation des formateurs-terrain)
- avec l'IFSI des Diaconesses , pour la formation continue (RELIEF g.i.e)
- avec le Pôle Ressource Politique de la Ville du Val d'Oise (dimension « urbaine » et DSL des différents projets pédagogiques)
- avec les centres de formation d'éducateurs spécialisés d'Ile de France (et prochainement les OPCA du secteur) pour la validation des acquis de l'expérience des éducateurs spécialisés
- avec l'Institut Polytechnique Saint Louis (mise à disposition de locaux de formation et développement de service communs).

Les partenariats les plus nombreux sont conclus avec les institutions et employeurs du travail social en vue de l'accueil en stage des étudiants de l'epss-cergy, dans le cadre de conventions de stage. Mais il s'agit bien de partenariats pédagogiques, fondés sur des rencontres, la définition d'objectifs communs, la participation de personnel de ces institutions à différentes activités de l'epss-cergy. Cela concerne près de 400 institutions et services.

Enfin, l'epss-cergy est membre de deux réseaux : l'un concerne la formation au travail social ( AFORTS ) et l'autre concerne le travail social lui-même, l' Entraide Protestante.

L'epss-cergy est également membre du PRES Cergy pontoise Val d'Oise (Pôle de Recherche et d'Enseignement Supérieur) .

Le dernier partenariat signé concerne l'apprentissage, l'epss-cergy et l'ADAPSS collaborent au développement de ce nouveau mode d'accès à la formation pour les métiers d'AS, ES, AVS et TISF.